ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიები საქართველოს უკიდურეს ჩრდილო-აღმსავლეთ ნაწილში, ლაგოდეხის რაიონში მდებარეობს. იგი მოიცავს ლაგოდეხის ნაკრძალს და აღკვეთილს, განფენილია დიდი კავკასიონის მთავარი ქედის სამხრეთ კალთებზე. დაცული ტერიტორიის სიმაღლე ზღვის დონიდან 400-დან 3500 მეტრამდე მერყეობს.

ლაგოდეხი საკმაოდ მდიდარი რაიონია. აქაური ნიადაგი ზომიერად ტენიანი სუბტროპიკული კლიმატით ხასიათდება. ლაგოდეხის ნაკრძალი ძალიან წყალუხვია. ნინოსხევი, შრომისხევი, ლაგოდეხისწყალი და მაწიმისწყალი ის მთავარი მდინარეებია, რომლებიც სათავეს მაღალ მთაში იღებს, ისინი ქმნიან უამრავ წყალვარდნილსა და ჩანჩქერს, რომლებიც ტყის ქვედა სარტყელში შედარებით მდორედ მოედინება. 
ლაგოდეხის ალპურ სარტყელში მყინვარული წარმოშობის რამდენიმე ძალიან ლამაზ ტბაა, მათგან ყველაზე დიდი შავი კლდის ტბა – რომლის სიღრმე თოთხმეტ მეტრს აღწევს. იგი რუსეთ-საქართველოს საზღვარზე მდებარეობს.
ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიების სიმდიდრე ბუნებაა. ამ უზარმაზარ ტერიტორიაზე ვერტიკალური ზონირება და ჰაბიტატთა მონაცვლეობაა. ენდემიზმის მაღალი დონე აქ გასაოცარია. ლაგოდეხის ფლორის 121 სახეობა - კავკასიის, ხოლო 9 საქართველოს ენდემია. ამ უკანასკნელთაგან 7 კახეთის, პრაქტიკულად კი თავად დაცული ტერიტორიის ვიწრო ენდემს წარმოადგენს. ლაგოდეხი განთქმულია თავის საუკეთესოდ შემონახული ხელუხლებელი წიფლისა და რცხილას ქალწულებრივი ტყეებით.
ნაკრძალში მცენარეულობის ყველაზე გავრცელებული ტიპი წიფლნარი ტყეა, თუმცა დაცულ ტერიტორიაზე გვხვდება მურყნარები, რცხილნარები, პატარა ნაკვეთებად ქართული მუხის ტყე და შერეული ფოთლოვანი ტყეები. ნეკერჩხლის კორომებს, შემდეგ კი მაღალმთის მუხის ტყე, სუბალპურ ზონაში არყნარია გავრცელებული, დეკის ბუჩქნარს უკავია.
მდიდარი და მრავალფეროვანი ფლორის ადგილსამყოფელებში ასევე მდიდარი და თვალწარმტაცი ფაუნის წარმომადგენლებია გავრცელებული. აქ ხერხემლიანი ცხოველების 126 სახეობის ცხოველია აღწერილი, მათგან თევზების - 4 სახეობა, ამფიბიების 5 სახეობაა, ქვეწარმავლების 12, ფრინველების 150 სახეობაა და ძუძუმწოვრების 53 სახეობაა გავრცელებული. ლაგოდეხის ნაკრძალსა და აღკვეთილში ასევე მდიდარია უხერხემლოების ფაუნა, იგი ბოლომდე არ არის შესწავლილი.